Segundo o serviço de espionagem e contra-inteligência indiano, a ex-primeira-ministra Benazir Bhutto foi assassinada por oficiais de baixo e médio escalão do exército e força aérea do Paquistão. Segundo essas fontes os militares envolvidos no assassinato fazem parte de grupos existentes nas forças armadas do Paquistão que apoiam os jihadistas e suas idéias radicais (fundamentalismo islâmico).

Ainda segundo uma dessas fontes, grande parte dos integrantes do serviço de inteligência do Paquistão utilizam como descanso de tela em seus computadores (screen saver), fotos de ninguem menos que Osama Bin Laden. Acredita-se inclusive que a própria al-Qaida tenha se infiltrado nas forças armadas e nos serviços de inteligência paquistaneses, o que é motivo de grande preocupação tendo em vista a posse e guarda de armas nucleares do Paquistão ser responsabiilidade justamente destas instituições.

Um fato que trouxe suspeitas ainda maiores a respeito do que realmente causou a morte da ex-primeia-minitra de 54 anos, foi o fato da polícia ter proibido os médicos de realizarem a autópsia em seu corpo.